As faturas ou documentos equivalentes só podem ser emitidas de forma manual em caso de inoperacionalidade do programa (nos termos do artigo 8.º da Portaria 363/2010). Podem também ser considerados casos de inoperacionalidade do programa, as situações em que o acesso ao programa se mostre inviável.
Os documentos assim emitidos devem ser integrados no programa imediatamente após a cessação da sua inoperacionalidade, utilizando uma numeração sequencial própria e uma série específica, anual ou plurianual, por tipo de documento.