Caso uma empresa tenha faturado, por exemplo, € 500.000,00, e tenha emitido um número de documentos de venda inferior a 1000 unidades, está excluída da obrigatoriedade de ter software certificado?

Sim, nesse caso está excluída da obrigatoriedade de utilizar Programa de Faturação Certificado, porque basta reunir uma das condições de exclusão do n.º 2 do artigo 2º da Portaria 363/2010, de 23 de junho, para que fique dispensado.