Caso uma empresa fature apenas a entidades que não sejam clientes finais, isto é entidades que exerçam atividades de produção, comércio ou de prestação de serviços, está excluída dessa obrigatoriedade independente do valor volume de negócios?

Não, essa exclusão que constava da versão inicial da alínea b) do n.º 2 do artigo 2º da Portaria 363/2010, de 23 de junho, foi revogada pela Portaria n.º 22-A/2012, de 24 de janeiro, pelo que atualmente nessas situações existe igualmente a obrigatoriedade de utilizar Programa de Faturação Certificado.